A napelemeknek több fajtájuk is van, és attól függően, hogy mire is használják őket, több csoportra lehet osztani ezeket.

A legelterjedtebbek közé tartoznak a monokristályos és a polikristályos fajták, amelyek bár ugyanúgy elektromos áramot állítanak elő, mégis ezt más-más módon teszik. A különbség a felépítésből adódik. Az egykristályos, azaz mono típus egy folytonos rácsszerkezetű kristályt takar, amelyben az atomok szabályos geometriai rendben helyezkednek el. A hibamentességből adódóan az egykristályoknak egyedülálló tulajdonságaik vannak, különösen elektromos, mechanikai és optikai szempontból. Az alapanyagát tekintve a felvezető iparban a legelterjedtebbnek a szilícium és kisebb részben a germánium egykristály nevezhető. A félvezető eszközök készítéséhez felhasznált kristályok általában egykristályos szerkezetűek. Ezen kristályok tulajdonságait a kristályrácsba beépített idegen atomok befolyásolhatják. Azért választják sokan ezeket, mert jelenleg ez a típusú napelem képes a legnagyobb hatásfokkal napenergiát villamos energiává alakítani. Ez elérheti a 17%-ot is, ami igen jónak tekinthető.

A másik igen ismert típus a polikristályos. Itt szintén több cellából felépülő napelemről van szó, azonban ahogy a neve is mutatja, itt nem egy, hanem több kristály alkotja a rendszert. Ez speciális öntési technikával készül. Gyártási technológiája hasonló a félvezetők gyártásához, mint a tranzisztorok, processzorok, memóriák. A polikristályos alapanyagot speciális, úgynevezett irányított lehűlési gradiensű öntési eljárással nyerik a tisztított szilíciumból. Magyarországon az egyik legelterjedtebb típusnak számítanak, még akkor is, amikor egyértelműen kisebb hatásfokkal működnek az egykristályosokkal összehasonlítva. A hatásfok nagyjából 13%.

És hogy melyik a jobb? Nos, a szakértők a hazai viszonyokat tekintve úgy tartják, hogy ezen az éghajlati övön semmi sem indokolja a monokristályos napelem alkalmazását. Gyakori érv az, hogy ha korlátozott hely áll rendelkezésre és teljes mértékben ki akarja az ember használni azt napelemes energiatermelésre, akkor monokristályosat kell alkalmazni. Ez az érv sem nyom sokat a latba, ugyanis monokristályos napelem esetén a fehér felület aránya nagyobb a napelem modulon, mert a napelem cella nem négyszögletű, mint a polikristályos esetében, hanem 8 szögletű. A magasabb hatásfok miatti felület csökkenés nem egyenesen arányos a monokristályos napelem esetében. Arról nem is beszélve, hogy szinte minden esetben a polikristályos napelem ára a kedvezőbb.